倒置相差显微镜,其照明系统位于镜体上方,而物镜和目镜则位于下部.这样在集光器和载物台之间有较大的工作距离,可以放置培养皿、细胞培养瓶等容器,辅助以相差的光学系统,可以很方便地对培养中的细胞进行观察.且相差系统的观察效果远好于一般光学观察系统.如果安装了显微操作系统,则可以利用机械臂对细胞甚至染色体进行精细地操作,如核移植、基因导入、染色体显微切割等.