软骨鱼系的主要特征是：终生具软骨质骨骼绝不具硬骨；体被盾鳞,或无鳞；无鳔；绝大多数为海生.硬骨鱼系主要特征是具有至少一部分由真正的骨(与软骨对照而言)组成的骨骼,其他特征包括：大多数种类具泳鳔(有浮力的气囊),鳃室覆以鳃盖,有骨质板状鳞片,头骨有接缝及行体外受精.