A、蒸馏水与CaCO₃不反应，故A错误；
B、试剂瓶都比较小，使用钢丝刷不方便；故B也不是最好的方法；
C、盐酸可以将CaCO₃溶解，反应生成CaCl₂、H₂O、CO₂ ，故C正确；
D、CaCO₃不溶于热水，故用热水也不能清除碳酸钙；故D错误；
故选C．