根据题意分析可知：三对等位基因位于两对同源染色体上时，有两对基因位于一对同源染色体上，另一对基因位于另一对同源染色体上．位于一对同源染色体上这两对基因在减数分裂时不能自由组合，但可和位于另一对同源染色体上的基因自由组合，但四分体时期可能存在交叉互换，所以后代的基因型最多能有3×3×3=27种．
故选：C．