A、新物种的形成一定要经过生殖隔离，A错误；
B、现代达尔文主义从分子水平上解释了生物进化的实质是种群基因频率的改变，B错误；
C、生物进化的方向是由自然选择决定的，而不是由基因突变产生的有利变异所决定的，C错误；
D、通过自然选择，具有不利变异的个体被淘汰，具有有利变异的个体被保存下来，使基因频率发生定向改变，D正确．
故选：D．