据我自己的经验,这种情况往往是由于操作不当引起,可能有如下原因：
1,菌体量可能过大,裂解不充分,或裂解液与中和液比例不适当；（调整菌液量或缓冲液量）
2,混合时过于剧烈,可能会带来基因组DNA片段的污染；（轻柔混合）
3,Rnase失活,可能带来RNA污染；（换Rnase）
4,离心不充分（有絮状物在上层）,或在离心后吸取上清时,将沉淀吸入,会带来蛋白质污染.（加大离心时间及转速,操作时避免吸入沉淀或表面絮状物）
--
欢迎继续讨论,纯属手打,祝愉快!