价电子构型考虑孤对电子,分子构型不考虑孤对电子.例如H2O分子中的氧原子以sp3杂化和氢原子1s轨道成键,其中两个sp3杂化轨道参与成键,另两个轨道上填充孤对电子.两对孤对电子和两个sigma成键轨道形成近似四面体构型（我们通常称为氧原子采取近似四面体构型,这是指氧原子成键后价电子的构型）.
而水分子的分子构型不考虑孤对电子,只关心分子中原子整体在空间中的位置关系（由成键电子决定）.因而水分子的构型是角型.