∵在△ABC中，∠C=90°，∠BAC=60°，
∴∠B=30°，
∵DE是AB的垂直平分线，
∴AE=BE，
∴∠BAE=∠B=30°，
∴∠CAE=∠BAC-∠BAE=30°，
∵CE=3cm，
∴AE=2CE=6cm
∴BE=6cm．
故选B．