最显著的区别是产生条件的差异：
水土流失必然是流水作用较强或者多暴雨,土质疏松或因坡度重力导致土壤容易被冲刷侵蚀,最终引起“水”和“土”的流失.荒漠化则是风力作用较强的地方,原生植被稀少,由于更加干旱或者人类垦殖采伐导致原生荒漠扩大,原有的林地、耕地、草地退化,有向荒漠发展的趋势.
滥砍滥伐森林引起的水土流失；滥垦草原或过度放牧导致的沙漠化；不合理灌溉引起的土壤次生盐碱化.