首先复习一下概念：
等位基因是位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形态的基因.不同的等位基因产生例如发色或血型等遗传特征的变化.等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应,可将等位基因区分为不同的类别.在个体中,等位基因的某个形式（显性的）可以比其他形式（隐性的）表达得多.
非等位基因就是不是在一对同源染色体上相同位置控制相同形状的基因.比如说控制有无耳垂的基因Aa和控制有无美人尖的基因Bb就是两对非等位基因
所以说：同源染色体上才有等位基因,非同源染色体上的是非等位基因.相等基因是指完全相同的基因,指等位基因中的特殊状况（当然也只有在同源染色体中才存在）.