①核酸为生物大分子，不属于生命系统的结构层次；
②神经元属于细胞层次；
③呼吸道的上皮属于上皮组织；
④病毒不属于生命系统的结构层次；
⑤胃属于器官层次；
⑥一只野兔属于个体层次；
⑦同一片森林中的所有野兔属于一个种群；
⑧一片草地中所有的昆虫为多个种群，既不是种群，又不是群落；
⑨一片果园属于一个生态系统．
能正确体现生命系统由简单到复杂层次的是②③⑤⑥⑦⑨．
故选：D．