乙醛酸循环（glycoxylate cycle）三羧酸循环的支路.存在于高等植物及微生物体内.在乙醛酸循环中,乙酰辅酶A与草酰乙酸缩合生成柠檬酸.但异柠檬酸不是在异柠檬酸脱氢酶作用下降解,而是在裂解酶作用下裂解成琥珀酸及乙醛酸.然后乙醛酸与乙酰辅酶A在苹果酸合成酶的作用下,合成苹果酸.苹果酸脱氢生成草酰乙酸,可以和另一个乙酰辅酶A缩合开始另一轮循环.乙醛酸循环运转一周,投入2分子乙酰辅酶A,生成1分子琥珀酸,用以参加合成代谢.如琥珀酸可以通过延胡索酸、苹果酸转变成草酰乙酸,草酰乙酸转变成磷酸烯醇式丙酮酸.后者可作为合成葡萄糖的前体（见糖异生作用）.动物体内没有乙醛酸循环存在.植物种子发芽时,乙醛酸循环进行得十分活跃.可以将种子中储存的脂肪降解,生成的脂肪酸转变成葡萄糖.在植物细胞中,异柠檬酸酶和苹果酸合成酶分布在胞浆细胞器乙醛酸体中.