A、无籽番茄的遗传物质没有发生改变，而无籽西瓜是染色体变异形成的，A错误；
B、人类的白化病和矮秆水稻都是基因突变形成的，B正确；
C、人镰刀形贫血症是基因突变形成的，而无籽西瓜染色体变异形成的，C错误；
D、果蝇残翅是基因突变形成的，而无籽番茄的遗传物质没有发生改变，D错误．
故选：B．