这句话是一句俚语,正确的译法是：心意最重要.
句子的主干是It is the thought; that counts是做定于从句修饰thought. count是though的谓语,译为算数（动词）.
因此这个句子直译是： 是那个算数的想法!
这是一个很地道的语句,我很恭喜你知道这个句子.