est-ce que就是一个提问词,跟英语里的is it不是同一个意思,不能完全对应.

Est-ce que直接开头的就是一般疑问句,疑问词开头的是特殊疑问句.
你举的例子中,用不用都可以,但是要注意的是,用est-ce que后面的句子成分不需要倒装了.注意两句中的il 和habite的位置.
所以综合来讲,特殊疑问句,书面语中用est-ce que 比较少,口语中用的比较多,因为省去口语中倒装的麻烦.

est的发音就是/e/,没有为什么.法语中很多古老的词（就是一个语言在演化过程中最先被创造出来的词,人称代词,方位代词,上下左右,是,不是,这一类）的发音都是不规则的.