铵根离子为正四面体构型(与甲烷构型相同),N 处于正四面体的中心,H 处于正四面体的四个顶点,键角均为109度28分.
所有的N-H键均为西格玛键,仅管配位键形成过程与其它三对键不同,但形成后的N-H配位键与其它三对键处于同等地位,对铵根离子的空间构型没有影响.