分析题图可知，①②③④⑤⑥氨基酸中，①②③④⑥都有一个氨基和一个羧基连接在同一个碳原子上，是组成蛋白质的氨基酸，其中②中的R基中含有一个氨基，③④中含有2个羧基，因此①②③④⑥形成的蛋白质分子的羧基数2+1=3，氨基数是1+1=2，肽键数是5-1=4．
故选：C．