A、RNA主要通过DNA转录过程产生的，发生场所主要是细胞核．故A正确．
B、黑暗状态下叶肉细胞可以进行呼吸作用产生ATP，同时细胞还进行其他的一些耗能的生理活动，如蛋白质合成等，所以也发生ATP的水解．故B正确．
C、离体的叶肉细胞经脱分化形成愈伤组织．愈伤组织是未分化的、排列疏松、呈液泡化的薄壁组织．故没有光合作用的能力．故C正确．
D、叶绿体中只发生光合作用消耗二氧化碳产生氧气，线粒体中进行有氧呼吸产生二氧化碳．故D错误．
故选D．