A、噬菌体是DNA病毒属于非细胞生物，根霉是真菌属于真核生物，A错误；
B、细菌是原核生物，草履虫是单细胞动物属于真核生物，B错误；
C、蓝藻是原核生物，酵母菌是真菌属于真核生物，C错误；
D、衣藻是低等植物属于真核生物，变形虫是单细胞动物属于真核生物，D正确．
故选：D．