解析：水稻种子属于单子叶植物种子，结构包括种皮（种皮外紧贴着果皮）、胚和胚乳，胚又由胚芽、胚轴、胚根和子叶组成．水稻加工成大米的过程中将种皮和果皮及胚都破坏掉了除去了．只剩下了胚乳．综上所述；A、B、C选项错误，只有D选项正确．
故选：D