1.会产生过量的再生废液；
2.周期较长；
3.耗盐量大；
4.有机物的存在会污染离子交换树脂；
5.排出大量含盐废水易引起管道腐蚀.
此外,对于溶液中存在多种离子时,需要针对不同的目的离子选用不同的树脂,普遍适用性差.