A、第一年的植株中，减数分裂后得到的配子中含2个染色体组；胚是由一个精子和一个卵细胞结合发育而成，故有3个染色体组；种皮和果肉都属于母本的体细胞，均为4个染色体组；胚乳由两个极核（每个极核均有2个染色体组）和一个精子（1个染色体组）结合发育而成，故有5个染色体组，A正确；
B、第二年的植株中仍有同源染色体，为三倍体，B错误；
C、第一年结的西瓜其种皮、胚、胚乳的染色体组数不同，其中胚、胚乳均是当年杂交的结果，种皮属于母本的体细胞，C错误；
D、第二年的植株中用三倍体做母本，用二倍体父本的花粉刺激子房发育，所以能得到不育的三倍体西瓜，D错误．
故选：A．