在SDS－PAGE不连续电泳中,制胶缓冲液使用的是Tris－HCL缓冲系统,浓缩胶是pH6.7,分离胶pH8.9；而电泳缓冲液使用的Tris－甘氨酸缓冲系统.在浓缩胶中,其pH环境呈弱酸性,因此甘氨酸解离很少,其在电场的作用下,泳动效率低；而CL离子却很高,两者之间形成导电性较低的区带,蛋白分子就介于二者之间泳动.由于导电性与电场强度成反比,这一区带便形成了较高的电压剃度,压着蛋白质分子聚集到一起,浓缩为一狭窄的区带.当样品进入分离胶后,由于胶中pH的增加,呈碱性,甘氨酸大量解离,泳动速率增加,直接紧随氯离子之后,同时由于分离胶孔径的缩小,在电场的作用下,蛋白分子根据其固有的带电性和分子大小进行分离.