腐乳制作过程中发挥作用的微生物主要是毛霉,此外还有酵母菌、青霉、曲霉等.
毛霉等微生物产生的蛋白酶等能将豆腐中蛋白质分解成小分子的肽和氨基酸；产生的脂肪酶能将豆腐中脂肪水解为甘油和脂肪酸.