没错误.why are you……表示你现在,主要是指今天,此刻,你为什么来这么晚.我们并不知道他以前有没有晚到的经历.
而why do you ……表示强调一直这样,就是,你为什么总是来这么晚.表示他来晚不是一次俩次了.