①脱氧核苷酸是小分子物质，小分子物质不能通过核孔进出细胞核，①错误；
②核糖核苷酸是小分子物质，小分子物质不能通过核孔进出细胞核，②错误；
③信使RNA是大分子物质，在细胞核中合成后，必须通过核孔出细胞核，③正确；
④RNA聚合酶是生物大分子，在细胞质中合成后，必须通过核孔进入细胞核，④正确；
⑤DNA解旋酶是生物大分子，在细胞质中合成后，必须通过核孔进入细胞核，⑤正确；
⑥组成染色质的蛋白质是生物大分子，在细胞质中合成后，必须通过核孔进入细胞核，⑥正确．
故选：D．