我不知道该怎么说,但我很抱歉我做了些对你不好的事情.
“put it”,惯用法,理解为“说明,描述“等.
but为连词连接两个并列句.
be sorry that...后面是that引导的宾语从句,从句主谓宾齐全,因此that不充当成分.
此处是惯用的that宾语从句作”形容词的宾语“（虽然一般宾语是对介词和动词而言）.
类似的有be aware that,be worried that,be happy that...