A、溶酶体中水解酶属于蛋白质，是在核糖体上合成的，A正确；
B、溶酶体属于生物膜系统，在消化细胞内的物质时要吞噬这些物质，形成具有消化作用的小泡，所以溶酶体执行功能时要发生膜成分的更新，B正确；
C、细胞质基质中的H⁺被转运到溶酶体内的方式是主动运输，需消耗能量，C正确；
D、溶酶体能够分解很多种物质以及衰老、损伤的细胞器，清除侵入细胞的病毒或病菌，D错误．
故选：D．