分子是以分子晶体为类型的物质（即分子晶体）的最小单位.
比如气态的水（水蒸气）中,众多水分子（H2O）无序的空间排列导致宏观水的呈现.对于单个水分子,它是可以被“独立出来”的.
物质的组成结构指的则是物质围观的组成与空间排列（即结构）,范围较广,所有物质都可以由此表述.如：氯化钠（食盐）晶体中粒子间（钠离子及氯离子）以间隔排列的方式呈现正方体的样子.化学式是可以表示所有这些的.
对于四大晶型（原子晶体、分子晶体、离子晶体、金属晶体）而言,只有分子晶体的最小结构（比如水分子）是确定的；其他的都不能确定（事实上仅仅可以确定比例）.