A、蛋白质千差万别，但组成肽键的化学元素相同，A不符合题意；
B、在生物体中组成蛋白质的氨基酸种类不同，是蛋白质千差万别的原因之一，B符合题意；
C、氨基酸的数目成百上千，形成肽链时，不同种类的氨基酸排列顺序千变万化，C符合题意；
D、多肽链形成蛋白质的空间结构千差万别，D符合题意．
故选：A．