顺式作用元件本质上说是一段DNA序列,存在基因序列的上游或者是下游,来对基因的表达进行调控.而反式作用因子实际上是一些可以调控基因表达的蛋白质分子,这些蛋白质通过与顺式作用元件发生作用来调控基因表达.
顺式作用元件顺式作用元件(cis-actingelement)存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列.顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等,它们的作用是参与基因表达的调控.顺式作用元件本身不编码任何蛋白质,仅仅提供一个作用位点,要与反式作用因子相互作用而起作用.
反式作用因子：指和顺式作用元件结合的可扩散性蛋白,包括基础因子,上游因子,诱导因子.
顺式作用元件件在分子遗传学领域,相对同一染色体或DNA分子而言为“顺式”（cis）；对不同染色体或DNA分子而言为“反式”（trans）.