细胞器在光学显微镜下是看不到的,（除非染色,例如用吡罗红、甲基绿等能够看见RNA、DNA)只能看到细胞壁（植物细胞）、细胞质和细胞核等,如果作质壁分离的实验,还可以看见原生质层（细胞膜、液泡膜和两层膜之间的细胞质）；
电子显微镜可以看到：细胞壁、细胞膜、细胞核、液泡、细胞质,绿色植物还能看到叶绿体.