A、分子和原子都是微观粒子，都是在不停地运动着的，故A错误；
B、化学变化的实质是反应物中的原子重新组合成新的物质，所以在化学变化中分子要分成原子、分子的种类一定发生变化，而原子只是重新组合、原子的种类没有变化，故B错误；
C、没有化学变化或物理变化的前提，作为原子本身可以再分为质子、中子和电子，故C错误；
D、在物理变化中由于没有新的物质生成，构成物质的分子和原子的种类都没有变化，故D正确；
故选：D．