A、水是由水分子构成的，氢气是由氢分子构成的，故A符合题意；
B、铁是由铁原子构成的，氧气是由氧分子构成的，故B不符合题意；
C、二氧化锰由分子构成，铝由铝原子构成，故C不符合题意；
D、氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，水是由水分子构成的，故D不符合题意．
故选A．