微生物是自然生态链中重要的一环,是必不可少的,它们对化学元素在自然界中循环、高分子物的合成与降解、甚至对无机物质形成、能量物质的储存、细胞基因储存复制及未知的方面等具有重要贡献.它的作用是呈两方面的：有益于人类的和病原的.
在保护环境方面最直接的应用是污水处理,城镇生活污水净化的90%功劳属于微生物,避免人类在这一活动中耗费较大能量.