A、在原子中，核内质子数与核外电子数相等，因而不同元素的原子不可能核内质子数不相等，核外电子总数相等；故A正确；
B、分子是由原子构成，由对A选项的分析和对B选项分析相似；故B正确；
C、因分子是由原子构成，而离子是带电微粒，其核外电子有得失现象，它们间有可能出现核内质子数不相等，核外电子总数相等现象，如：H₂O和Na⁺；故C不正确；
D、不同的离子，因其核外电子有得失现象，也可能出现核内质子数不相等，核外电子总数相等现象，如：Na⁺和F^-；故D不正确；
故选AB