蛋白质在酶的作用下,水解位点特定,用于一级结构,分析肽普.蛋白质水解氨基酸
蛋白质在酸的作用下,色氨酸破坏,天冬酰胺和谷氨酰胺脱酰胺基.　　蛋白质在碱的作用下,水解后氨基酸会消旋,但色氨酸稳定.酸法水解由于后续的酸液对环境污染,水解产物会有异味；碱法水解则会使L型氨基酸变成D型,且两种水解方法都不存在专一性,因此酶法水解成为趋势.