A、在杂草除掉后害虫可能是增多，A错误；
B、杂草和水稻处于同一营养级别，不存在级数减少的情况，B错误；
C、将水稻田里的杂草全部清除掉，减少了水稻的竞争者，所以水稻生长更好，使能量更多流向水稻，C正确；
D、杂草全都被除掉了多样性肯定是减少，D错误．
故选：C．