A、在细胞核中的染色体上存在大量的DNA，以DNA为模板可以转录形成RNA，A正确；
B、在原核生物的拟核中存在遗传物质DNA，可以转录形成RNA，B正确；
C、在线粒体和叶绿体这两种细胞器中也含有少量的DNA，可以转录形成RNA，C正确；
D、在细胞质基质中不存在DNA，不可能发生转录过程，D错误．
故选：D．