A、肾蕨属于蕨类植物，水绵属于藻类植物，香菇属于真菌，不是植物，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．不符合题意．
B、酵母菌、灵芝属于真菌，豌豆属于植物．可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．不符合题意．
C、小麦、番茄、大豆属于种子植物门，亲缘关系较近，共同特征较多，细胞的相似度高．符合题意．
D、水稻属于种子植物，葫芦藓属于苔藓植物，大肠杆菌属于细菌，不是植物，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．不符合题意．
故选：C