碱基互补配对原则发生在DNA复制、转录和翻译过程中,因为细胞核、线粒体、叶绿体中含有DNA,所以都存在碱基互补配对；转录过程发生在细胞核,翻译过程发生在核糖体,所以核糖体中发生碱基互补配对,但细胞核属于细胞结构,不是细胞器,所以发生碱基互补配对的细胞器有线粒体、叶绿体和核糖体.