二者的区别在于：氢氧根离子是带负电荷的,且电子全成对；而羟基是电中性的,有单电子(未成对).
羟基是有机物中的一个官能团.所谓官能团,是指烃的衍生物中取代氢原子的原子或原子团；它是有机物分子中比较活泼而容易发生反应的原子或基团,决定了化合物的化学特性.如：卤素原子（-X）、硝基（-NO2）、羟基（-OH）、醛基（-CHO）、羧基（-COOH）等.
有机物中的官能团与无机物中的离子不同之处在于,官能团是原子或原子团,不带电荷,而无机物中的离子则是带有正或负电荷的粒子.