A、水螅为多细胞生物，属于个体层次，A错误；
B、心肌细胞属于细胞层次，但不属于个体层次，B错误；
C、大肠杆菌属于单细胞生物，因此其既是细胞层次，也是个体层次，C正确；
D、卵细胞只属于细胞层次，不属于个体层次，D错误．
故选：C．