1.一般来说,since引导的原因状语从句既可以放在句首也可以放在句中,而在绝大多数的情况下,as 引导的原因状语从句不以放在句首.
2.我觉得应该是因为你受到了惯性思维的影响,受了以下的这个句型的影响：
Only then did (do) I.这是一个规定的倒装句型.
但是,必须清楚的是在Only a few mistakes he made in this exam.这个句子当中,only 仅仅作为一个形容词,他所犯的是仅有的一点点的错误,而he made 则是一个省略了引导词that的宾语从句（宾语从句当中的引导词that是可以省略的）.
3.make the best of有两个意思：（1）充分利用；（2）尽量好好去做
而make the best use of 充分利用,使……得到最好的利用
在你所给出的make [the] best of learning materials中可以看出用的是make the best of第一种的意思,即跟make the best use of “充分利用,使……得到最好的利用”的意思是一致的.所以use 既可加也可不加.