A、细胞分化后，细胞的结构发生了稳定性差异，A正确；
B、细胞分化的实质是基因的选择性表达，因此细胞中蛋白质的种类和数量都会发生变化，B正确；
C、细胞分化后，细胞中蛋白质的种类会发生改变，C正确；
D、细胞分化不会改变细胞核中的遗传物质，D错误．
故选：D．