A、实验桌旁本身就有许多微生物，没法判断培养基上的菌落是来自培养基本身还是来自培养环境，A错误；
B、窗台上周围含有微生物，无法判断培养基上的菌落是来自培养基本身还是来自培养环境，B错误；
C、将未接种的培养基放在恒温箱中培养，一段时间后若有菌落说明培养基被污染，若无菌落说明培养基没有被污染，C正确；
D、培养基已经接种微生物，无法判断培养基上的菌落是来自培养基本身还是来接种的微生物，D错误．
故选：C．