R基里的氨基或羧基能用于缩合,比如谷胱甘肽中的谷氨酸就是用侧链羧基缩合的.在人工合成多肽时,也要保护侧链.
在核糖体进行蛋白质合成时,不会用侧链缩合.这是由酶的专一性决定的.负责氨基酸活化的氨酰tRNA合成酶不会与侧链反应,形成肽键的转肽酶也不识别侧链.