A、花粉中的精子在形成过程中，丢掉了大部分的细胞质包括叶绿体，但是卵细胞中含有叶绿体基因组，A错误；
B、受精卵中的细胞质几乎全部来自卵细胞，精子中几乎不含叶绿体基因组，即叶绿体中的目的基因不会通过花粉传递给下一代，将目的基因导入花粉可防止造成环境污染，B正确；
C、转基因植物与其他植物基因可以进行交流，不存在生殖隔离，C错误；
D、转植物相当于杂合子，杂交后代会出现性状分离，D错误．
故选：B．