A、有氧呼吸的第一阶段产生的丙酮酸，在第二阶段进入线粒体的基质中，A正确；
B、高等植物不仅能进行有氧呼吸，有时也能进行无氧呼吸，如水稻的根能进行无氧呼吸，B错误；
C、有氧呼吸在氧参与下将糖类彻底分解，产生二氧化碳，酒精式无氧呼吸也能产生二氧化碳，C错误；
D、植物有氧呼吸作用的强度，白天比晚上强，白天温度高，酶的活性大，白天光合作用产生的大量有机物，支持呼吸作用的分解，D错误；
故选：A．