原核与真核生物基因结构都包括编码区和非编码区.但是原核生物的编码区是连续的,全部都可以转录出mRNA,编码出蛋白质.而真核基因的编码区是不连续的,又分为外显子和内含子,外显子能够转录出mRNA,编码出蛋白质,而内含子则不可以.因此真核基因的非编码序列包括非编码区的所有序列以及编码区里面的内含子.
另外它们的非编码区虽然不能转录出mRNA,但是对基因的转录有调控作用,最重要的一个就是位于基因首端非编码区的启动子和尾端非编码区的终止子,分别起到驱动和终止转录的作用.